Od 1.4.1991 sa stala škola samostatným právnym subjektom zriadeným Ministerstvom Hospodárstva SR. V tomto období prežila ťažké obdobie, ktoré súviselo s útlmom strojárskej výroby v republike. Z tohto dôvodu vznikajú v škole nové odbory ako napr. elektromechanik strojov a zariadení, automechanik, inštalatér. V marci 1993 bola zriadená Stredná priemyselná škola s dopravnými odbormi s účinnosťou od 1.9.1993. V decembri 1995 bola pri SOU zriadená autoškola. 

Na základe rozhodnutia racionalizačnej komisie pri ministerstve školstva SR a následne Krajského úradu v Trenčíne došlo od 1.9.2001 k združeniu Strednej priemyselnej školy v Stredného odborného učilišťa M.R.Štefánika v Brezovej pod Bradlom do jednej školy s názvom Združená stredná škola M.R.Štefánika Brezová pod Bradlom. Združením škôl vznikla nová príspevková organizácia, ktorá bezprostredne nadväzuje na históriu predchádzajúcich škôl. V sieti strednej odbornej školy zostali všetky predchádzajúce študijné odbory, ako i nadstavbové štúdium.Zastupiteľstvo TSK uznesením číslo 573/2008 s účinnosťou od 01.09.2008 schválilo zmenu názvu organizácie, ktorý znie: Stredná odborná škola M.R.Štefánika. V sieti strednej odbornej školy zostali všetky predchádzajúce študijné a učebné odbory, ako i nadstavbové štúdium.